Поражение России в русско-японской войне 1904-1905 гг. наглядно продемонстрировало необходимость скорейших преобразований в армии. Можно выделить три направления военной политики: упорядочение принципов комплектования вооруженных сил, их перевооружение, строительство необходимой инфраструктуры. В годы столыпинских реформ был разработан новый Воинский устав, четко определявший порядок призыва в армию, права и обязанности призывных комиссий, льготы по отбыванию воинской повинности и, наконец, возможности обжалования решений властей. Иными словами, правительство стремилось "вписать" отношения между гражданином и вооруженными силами в правовое пространство Российской империи

Государство увеличивало ассигнования как на содержание офицерского корпуса, так и на переоснащение армии. Значительное внимание уделялось строительству линейного флота России. При прокладке новых железнодорожных путей также учитывались военно-стратегические интересы государства. В частности, второй путь Сибирской магистрали, Амурская железная дорога должны были облегчить мобилизацию и переброску сил из различных частей империи и, соответственно, саму оборону дальневосточных окраин России.

При этом П.А. Столыпин был принципиальным противником втягивания России в мировую войну, считая, что для отечественной экономики, вооруженных сил, социальной структуры это будет невыносимой нагрузкой. Именно поэтому он предпринял исключительные усилия для того, чтобы Боснийский кризис 1908 г. не перерос в вооруженное столкновение. П.А. Столыпин прекрасно осознавал, что проводимые им системные преобразования могли дать свои плоды лишь через определенный период мирного поступательного развития России.